El territorio de Chepén estuvo alternadamente comprendido en las antiguas culturas CHAVÍN, MOCHICA, WARI, CHIMÚ E INCA. En la época colonial figura como pueblo, distrito, doctrina y parroquia integrantes del corregimiento de ZAÑA, primero , y del partido de Lambayeque, después. Ya en la República fue distrito de la provincia de Lambayeque que hasta el 18 de abril de 1864, en que paso a integrar la nueva provincia de Chiclayo y después , el 23 de noviembre de 1864,fue incluido en la entonces creada provincia de Pacasmayo del departamento de La Libertad. Es bueno anotar durante la colonia, Lambayeque estuvo en la jurisdicción de la intendencia de Trujillo y que durante la emancipación ,conformo el departamento de Trujillo creado por SAN MARTÍN en febrero de 1821 el cual paso a llamarse la libertad durante el gobierno de SIMON BOLÍVAR. El departamento de Lambayeque fue creado recién en 1874. El 11 de noviembre de 1914, el presidente del Perú, coronel Oscar R. Benavides, promulgó la Ley N° 2006, mediante la cual Chepén, se eleva a la categoría de Ciudad. El 8 de septiembre de 1984, el distrito de Chepén fue separada de la provincia de Pacasmayo y paso a integrar la nueva provincia de Chepén, mediante la Ley Nº 23910, siendo presidente del Perú el arquitecto FERNANDO BELAUNDE TERRY. En 1988 le fue dada la capital microregional y se habló incluso de que seria cabeza de la Sub-Región Jequetepeque cuando esta sea creada.